王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，是一个决定性的一年。然而，这一年也可能被视为平淡无奇，甚至没有任何值得一提的事件，但它正是中国封建王朝发展的一个重要时期。
过去关于明史的叙述几乎都围绕着“税重民穷”的说法，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在国家的赋税过重，而在于法律和政府机构的低效率。两千年的中国历史中，以道德代替法制的情况到了明代达到极点，而黄仁宇写作《万历十五年》的目的，就是要说明这一观点。
在明朝万历年间，那些重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞，他们每个人都以悲剧收场。在这种文官集团体制下，即使是皇帝自己，也只能采取无为而治的策略。这让人看到了强大体制惯性的悲哀。他们每个人都有各自的特点，闪耀着光芒，同时也试图进行改革，但最终失败，大多数人还遭遇了革职或入狱等结果。一群文官为了维持整个集团的平衡，让国家武备、科技创新以及商业发展陷入停滞。文官集团统治对这个国家来说，无疑是一场不幸开始，对宦官集团夺权更是导致了大明王朝迅速衰败。
历史上，万历十五年的确是一个平凡的一年，但是在这一年的某些事件里，我们可以看到若干容易被忽略的小事，它们似乎微不足道，却实际上却隐藏着以后发生的大事和机缘。这其中因果关系恰恰揭示了历史中的重点。在《万历十五年》中通过描述几个关键人物，看出了这个没落王朝深刻的人物命运，最终历史将这些帝王将相所遗忘。
虽然黄仁宇在《万历十五年》中已经深刻批评了中国以道德代替法律的情况——道德并非无能，不仅不能替代技术，更不能替代法律。他认为，明朝特征之一就是依赖意识形态作为统治手段；意识形态渗透到帝国所有方面，无论强度还是广度，都达到了前所未有的水平。
从那一刻起，中国与西方之间差距越来越大！西方帝国正在崛起，而东方帝国则逐渐走向沉沦！
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