元朝灭亡的三大原因，分别是内部腐败严重、外患不断以及经济困难。这些因素共同作用下，最终导致了元朝的覆灭。不过，在元朝灭亡的过程中，明末农民起义和蒙古诸侯割据之间存在着密切的联系，这些联系也为元朝灭亡提供了重要推动力。
首先，明末农民起义是一股不可小觑的人民力量。最著名的是李自成领导的大顺军，他们在河南、山西一带建立了一支庞大的军队，对抗着已经衰弱多年的元朝政府。在此期间，不少地主阶级因为支持或参与起义而被处死，这直接削弱了当时社会上的统治阶级基础，加速了元朝政权解体。
其次，蒙古诸侯割据也是一个重要因素。在这个时候，一些原来的蒙古贵族开始独立于中央政府之外，形成自己的封建政权。这不仅削弱了中央集权，还导致了一系列地方性的战争和冲突，使得原本就脆弱的地面行政体系更加瓦解。此外，由于各个部落之间争夺土地资源的问题，他们常常需要借助农民起义等力量来增强自身实力，从而进一步加剧了对中央政府的压力。
再者，更为关键的是，当时内忧外患并存的情况下，大量士兵因为饥饿和疾病，而不得不投靠各种势力的军队，无论是参加农民起义还是加入到某个地方割据势力中去，都会极大地削减中央政府能够调动的大量正规军人手，这对于维持国家稳定性是一个致命打击。
最后，我们不能忽视的是，那时候由于长期战乱及农业生产受阻，使得粮食供应短缺，加上人口大量流离失所，这种局面使得整个社会陷入混乱状态，从而加速了整个国家向崩溃边缘滑行。而这种情况本身，也是由之前提到的“经济困难”这一原因引发的一系列连锁反应。
综上所述，在“元朝灭亡的三大原因”的影响下，以及明末农民起义与蒙古诸侯割据相互作用的情形下，最终促成了历史上著名事件——清除异端运动后，将残余力量集中起来，再次以形式化政治结构（如汉字文化圈）作为中心点重新组织，并迅速发展出一套新的政治制度，即后来的满洲王国（清），从而完成对中国东北地区乃至全境的一次完全征服。
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