明朝在南京设都的历史背景是由明成祖朱棣于1402年迁都北京后形成的。朱棣认为北京更为中心地理位置，更能体现皇权至上的气象，因此决定将首都从南京迁移至北方。然而，这一举措并没有彻底解决问题，因为北京作为边陲之地，军事防御和经济发展面临诸多挑战。
为了应对这些挑战，明朝采取了一系列重大变革措施：
首先，在政治上，明朝加强了中央集权制度，使得行政机构更加集中和效率化。例如，将原来的六部改制为六科，加强了中央对地方的控制。此外，还实行严格的官员考核制度，以确保官员忠诚、公正。
其次，在文化教育方面，大力推广儒学，对各级学校进行重建和扩张，并通过科举考试选拔人才。这不仅增强了国家的人才储备，也促进了社会思想文化的统一与提升。
再者，在经济建设上，明朝政府注重农业生产，为农民提供税收减免等政策刺激农业发展，同时鼓励手工业和商业发展。在金融领域，还建立起复杂完善的货币体系，如铜币、银两等，以稳定货币市场。
此外，在城市建设方面，大力投资于城市基础设施建设，如城墙、桥梁等，以提高城市防御能力和便利市民生活。此外，还在南京兴建许多公共建筑，如文庙、大庙、观音阁等，以彰显皇家威仪并培养民族主义情感。
最后，从军事角度看，为了维护国家安全，加强边疆防卫，明朝还加大了兵力的投入，并建立了一套完整的征兵制度，以及训练有素的专业士兵队伍来保障国土安全。
总结来说，由于南京地处中原腹心，对抗蒙古侵扰有利，而且交通便利，便捷通往各省，不仅可以调动军队也可以运输物资，所以这也是选择设立都城的一个重要原因。但最终由于战争压力巨大以及内部矛盾积累，最终还是决定将首都是回到了故乡——北京。在这个过程中，一系列深刻而又必要的大变革被实施，使得中国社会进入一个相对稳定的新时代。
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