明亡之痛，南明初立
在崇祯十七年（1644年），李自成的农民起义军攻破了北京，清军入关。同年五月，皇帝崇祯帝自缢于煤山。清军入主中原后，建立了清朝，但大多数汉族士绅和官员都不愿意臣服于满洲人的统治，他们希望能够恢复明朝的旧政权。因此，在江南地区，一些有势力的士人开始组织反抗。
南明各朝君主及其政绩
随着时间的推移，不同的地方势力纷纷宣布独立，并拥立自己的君主。一共有四个南明朝：弘光、隆武、永历和绍武。这几个朝廷都有一定的政绩，比如弘光时期的大规模招抚政策，以及隆武时期对文化教育的重视。但是，由于缺乏全国性的统一力量，这些小小的抵抗中心最终被清军所消灭。
清剿与民变
为了巩固新生的政权，清政府进行了一系列严厉的手段来剿灭残存的明遗臣，如实行“讨逆”政策，对那些未降或不降的人进行追捕并处决。此外，还有许多地方性的小规模反乱，也因为缺乏中央集权而无法形成大的威胁，最终也被镇压下去。
文化传承与民族意识
尽管战乱频仍，大量人口死亡，但是中国人民并没有完全丧失希望和文化传承。在一些隐蔽的地方，如江西等地，还存在着隐藏起来的书籍和知识分子，他们继续保存着古代文物和文献，为后来的文化复兴奠定了基础。此外，这一时期也有更多人开始思考民族身份问题，从而加深了人们对于自身民族身份认同感。
结束与影响
直到1667年，最后一个南明王国——永历王朝在云南省被清军消灭之后，这一历史阶段才彻底结束。这场长达几十年的战争导致大量人口死亡，大量财富流失，同时也使得社会经济陷入困境。但是，这段历史也是中华民族精神的一次巨大考验，是中华文脉延续过程中的重要一页。
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