朱棣当上了皇帝以后，为了建文帝那一派的官僚，不断派遣宦官刺探情况，但没有一个专门机构，总感到不方便。永乐十八年(1420年)八月，在北京“设东厂于东安门北，以内监掌之。自是中官益专横，不可复制”。东厂自建立以后，一直没有停止过活动，直到明亡，其任务即所谓“缉访谋逆妖言大奸恶等，与锦衣卫均权势”。
东厂直接受皇帝指挥，派去主持其事的宦官都是皇帝的亲信心腹。起初是选各监中一人提督，到后来专用司礼秉笔第二人或第三人为之。其官衔的全称是“钦差总督东厂官校办事太监”，简称为“提督东厂”。并颁给关防一颗，文曰：“钦差总督东廠 官校辦事太監關防”，凡十四字。
一般宦官出差，无印信，“不过日内官内臣而已”。而东廠關防"特稱太監，以重"。皇帝还特颁给密封牙章一枚，凡事件应封奏者，以此铃封，可不必经过任何手续，都直接送到皇帝那里。
東廠內人員稱主管東廠的太監為「督主」或「廠」，下設「掌刑千戶一、理刑百戶一、亦謂之貼刑」，他們是從錦衣衛那里調拨過來。在千、百戶之下的是掌班、領班、司房四十余名。
專門到外面去缉訪的是役長（又叫挡頭），有一百余人。一每一役長率領番子（也叫番役或干事）數人，大約有一千余人。这兩部分人統稱為隸役，都從錦衣衛那里挑選最輕黠猥巧者來充任。
東廠每月分配一次訪缉任務，“每月且(初一)，_factory_の人数掣签庭中，将分视察诸府。”同时，他们还负责听闻地方失火、雷击等小事情，并向中央报告粮食价格变化等信息。此外，每个月底，还要向宫廷汇报京城及其他地区的情报情况和情绪动态。
这两大机构之间存在互相牵制与合作关系。当时由于锦衣卫权力过大，有时会被限制，只能请示镇抚司，而不能直接向三法司请示，这样可以避免他们私自操控案件。但实际上，这种措施也让锦衣卫与镇抚司产生了矛盾，使得整个体系更加复杂化，加剧了权力的斗争和冲突。
随着时间推移，这两个组织不断发展壮大，最终形成了一种独有的力量结构，即所谓“三位一体”的局面，其中包括：
东厂：作为一种新的调查机关，由宦官管理，对宫廷内部有很大的影响力。
锦衣卫：作为一种传统武装力量，对宫廷保安有很大的责任。
镇抚司：作为一种介于二者的调解机构，对案件处理有很大的裁量权力，但实际上受到双方压迫，也无法完全独立行使职能。
这种结构虽然能够在一定程度上平衡各方利益，但却也加深了内部矛盾和对抗，从而影响到了整个社会政治环境。在这个过程中，可以看出 明朝末年的混乱局面以及各种因素导致国家从强盛走向衰败的一个侧面表现。
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