王小波曾形象地将这本书比喻为“不新的《万历十五年》”，确实，1587年的万历十五年，或许在某些人眼中平淡无奇，但它却是明朝发展的一个转折点。传统上，对于明史的描述往往带有“税重民穷”的刻板印象，然而黄仁宇则认为，这种状况之所以严重，是因为法律和政府效能的缺失，而非仅仅赋税过重。在他的看来，中国两千年的历史中，以道德代替法制已达极点，《万历十五年》的写作，也正是为了揭示这一观点。
在那个时代，一群杰出的臣子，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等，他们都以悲剧收场。即便是当时的皇帝也只能采取一种被动的政策。在这种体制下，他们每个人都各有所长，但最终因改革失败而遭受革职或入狱的命运。这一切反映出强大的体制惯性导致的一种悲哀。这些文官为了维护他们的小圈子利益，使得国家武备科技革新商业发展均陷于停滞。
历史学家们通常会忽视这个平凡的一年，因为这里发生了许多容易被忽略的小事，却又对后来的事件产生了深远影响。《万历十五年》通过对几个关键人物的描绘，展现了一个衰落帝国的悲剧命运。而最终，这些帝王将相所经历的情景，被时间淹没。
黄仁宇在书中批判了以道德代替法律这种做法，他认为道德并不能完全解决问题，更无法取代技术和法律。他指出，明朝特有的特征就在于依赖意识形态作为统治手段，使得意识形态渗透到了帝国的所有方面，无论强度还是广度，都达到了前所未有的水平。
从那以后，中国与西方之间的地位差距越来越大。一边是西方帝国崛起，一边是东方帝国开始衰落。这一年标志着两个世界之间不可逆转的地理政治经济格局发生变化。
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