黄河南派的变迁历经七百余年，始自1128年金军攻打南宋，东京留守杜充开决黄河大堤，以水为兵抵御金军。这种做法不仅阻挡了金军的南下，还导致了黄河分支流入今天的河南、山东、安徽、江苏境内，并最终夺取淮河口入海，这一变化对当地造成了极大的破坏。这段时间里，黄河在各个地区形成多条支流，其中主流最终夺取淮河口，最终导致沿线地区长期受灾。
直到明朝嘉靖和万历时期，由于几位杰出的治理者如潘季驯等人的努力，特别是在潘季驯治理后，黄河终于从原来的分支状态转变为稳定的主流。在明清交替之际，由于修防工程久未更新，再次引发严重的洪水问题。康熙前期，大部分的问题集中在下游地区。在康熙时期，有几位著名的治理者，但真正对治理有决定性影响的是靳辅。他在任期间，对黄河进行了两方面的大规模改造：首先是解决与运河相交汇处江苏淮安清口区域的问题，即解除对运河的干扰；其次是在高邮、宝应附近的地带，即“里下 河”，这是一个低洼且容易堰塞的地方，是他治理重点所在地。
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