窦终于与其他传教士一起抵达了印度果阿省的高峰，开始了他的传教事业。他的传教事业在印度非常成功，他的数学和科学知识也使他在当地著名。1579年，利玛窦被派往日本传教。
然而，直到1582年日本战国时代的天正之役，他才得以进入京城。在日本期间，利玛窦写了一本最早描绘日本的西方书籍，它提供了关于日本的许多详细信息，包括日本的政治、文化和社会。在日本开始传播基督教，这是一项异常困难的任务，因为基督教被认为是西方文化的象征，而西方文化在日本不受欢迎，加上有一些政治因素，这使得传教士很难生存。在日本的传教期间，利玛窦意识到如果要在中国传教，需要冒着生命危险前往。
1595年，利玛窦终于得以进入澳门，并于1601年至1610年在中国传教，他在沿海地区和北京进行布道。由于利玛窦的精通中文和数学，所以他能够与中国知识分子进行对话，并且有很强的说服力。他的传教事业在中国也是非常成功的。利玛窦是第一个成功传播基督教的西方人之一，与中国人建立了友谊并且被中国人尊重。而今，我们还能看到他留下的许多文化遗产。
我与十四名耶稣会传教士一起乘船从里斯本出发，绕过好望角，途经莫桑比克，历经千辛万苦，终于在九月抵达亚洲最重要的殖民地——印度果阿。我到达果阿之后，一边传教一边继续学习神学。但是，在印度传教远远没有我想象的那么容易。好在耶稣会在日本的传教还比较顺利，这给了我一些鼓舞。在印度呆了四年后，我还学习了人文学科，并认识到应该让印度人也学习欧洲的哲学、教理和神学等文化。于是，我把这一想法传达给了耶稣会总部。
当时，耶稣会东方总巡察使范礼安负责向中国派遣教传教士。但是由于明朝的闭关锁国政策，之前的传教士们都只能停留在澳门地区，而不能进入中国内地传教。1580年，神父罗明坚向范礼安举荐我，并授予我神职。十年后，我应召到达澳门地区，开始与罗明坚一起进入中国内地传教的尝试。尽管这是一项艰巨的任务，但我仍义无反顾。我作为一名传教士，想通过汉语著述天主教义来“捕捉中国人的心灵”。因此到达澳门后，我也努力学习汉语。起初，我觉得汉字非常不可思议，对它产生了极大的兴趣。在此期间，我碰巧遇到了日本的天正遣欧使节团，于是顺便学习了一点儿日语。
1584年，我和罗明坚在广东肇庆建立了第一个传教驻地。我们初来时，并不敢直言是来传教的，而是自称来自天竺，并且仰慕中国才决定终老于此。为了获得中国官员的信任，我们把主要精力都放在了学习汉语和中国的礼仪习俗上，行事十分小心。为了赢得人们的好感，我们还特意打扮成像佛教僧侣。因此，中国人都以为我们是远道而来的佛，只是长相与之前所见的僧人略有不同而已，所以没有驱赶我们离开。我作为利玛窦，来到中国时是有备而来的，我从西方带来了许多传教用的东西，例如圣母像、地图、三棱镜、欧几里德的《几何原本》等等。这些新事物深深吸引了许多中国人的眼球，尤其是我制作并印行的首张中文世界地图《山海舆地全图》，它使中国人第一次接触近代地理学知识，开阔了中国人的眼界。我一边给中国人讲解地图，一边介绍我们的宗教信仰。我还高度赞扬了中国文明，说“中国其实就是一个世界”；同时，我认为中国人对医学、自然科学、数学和天文学都非常精通。因此，我更加坚定了传教的决心。
为了传教，我还在肇庆建立了“仙花寺”，引得包括士人、僧人在内的许多中国人前来跪拜，我们神父们都非常高兴。不过，这些中国人前来跪拜只是出于礼节而已，并没有其他意义。接着，我们神父们翻译了《主的祈祷》和《圣母赞歌》等宗教小册子，并向中国人传播我们的信仰。窦驱逐出境，这让我备感失落和不安。我想起了我在中国传播教义的艰辛和付出，但这也让我更加坚定了我的信仰和使命。在中国传教几年，我已经发现了中国士大夫阶层对教义的兴趣。于是，我利用解释各种西方事物的机会传播了我们的宗教信仰。我和一名中国秀才一起将教义翻译成中文，其中包括《天主实录》，这是西方人用汉语书写的第一部天主教神学著作。它将天主教教义和儒家思想汇合在一起，比较容易被中国的士大夫阶层所接受，也确实引起了许多中国人的兴趣。 虽然我们曾经尝试建立第二个传教驻地，但都没有成功。不久，我的合作伙伴罗明坚被教皇召回罗马，另有安排。我和另外一名神父麦安东继续留在肇庆主持传教工作。但令人遗憾的是，在万历十七年（1589年）夏，广东新任总督将我驱逐出境。这对我来说是一个沉重的打击，但也让我更加认识到我的使命和信仰的重要性，我决心要继续传播我们的宗教信仰。人将《四书》翻译成了西方语言。我记得当时我被打劫抢劫、部下相继失踪，最终只剩下我一个人。但我很幸运地在肇庆期间认识了一位士人瞿太素，他不仅是我的好友，也是我的师徒，我们一起翻译了欧几里德《几何原本》的第一卷，还向众人宣传了我的天体仪、地球仪和日晷等西洋物品。也正是因为他的帮助，当地的达官贵人们才逐渐认识了我，并邀请我前去做客。通过与中国许多上流社会人士的接触，我发现当时的中国人并不尊重僧人，于是我征得范礼安的同意后留起了胡子，打扮成儒士的模样，以便更好地与中国官员交往。经过多方努力，我在韶州建立了第二个传教驻地。 在韶州期间，我还攻读了《四书》并将其翻译为拉丁文，这是有史以来第一次有人将《四书》翻译成西方语言。这些翻译成果使得西方世界更加了解中国的文化和思想，也让我更加深入地了解了中国文化。深地喜爱这个国家和它的文化。在万历二十二年，我尝试跟随中国官员石星进入北京，但在到达南京时，情况有变，我就来到了南昌，并得到在那里居住的许可。在南昌期间，我认识了江西巡抚陆万垓，向他展示了我的三棱镜、钟表和西方记忆法，还介绍了一些西方的书籍。我还向当地的学子们讲授了数学、日晷记时的技巧等问题，并成功预测了一次日食。因此，我很快就成为了当地的名人，并结交了当地的许多儒士、权贵。我还应邀去白鹿洞书院讲学，向人们展示了我带来的地球仪、玻璃器皿、西式装订书籍等礼物，吸引了王室成员以及各级官员的注意。于是，我就在自己的住所进行了一次“科普”展览，向人们展示了我的超强记忆方法。 在我在中国生活了十二年之后，我深深地爱上了这个国家和它独特的文化。我认为，在中国，书籍的作用远远胜过言语。因此，我在南昌建立了新的传教驻地，并出版了我的第一部中文著作《交友论》。这本书收集了亚里士多德、普鲁塔克、西塞罗等西方著名哲学家的交友格言。为了适应中国文人的情感，我对某些方面进行了修改，并编成了一个集子，还为它写了序言并出版，将它作为礼物送给了王室成员，引起了人们的兴趣。友谊在孔子的眼中被认为是天下五伦之一，我选择了以友谊为主题的格言，表现了我认为中国文化的核心所在。我深知，我必须表明自己与中国的社会秩序是统一的，才能被中国人接受。我的努力没有白费，《交友论》深得当时的士大夫们赞赏。 除了《交友论》之外，我还选择了适合中国人伦理观的西方伟人的语录进行刊行。我希望通过我的努力，使更多的中国人了解西方文化，也让西方人更好地了解中国文化。我放弃了建造教堂和公开传教的方法，开始采用用“天主”代替中国自古就有的“上帝”概念的策略，逐步探索并实践了我的传教方式，最终形成了一套成功的传教策略。在南昌，我建立了第三个传教驻地。 1597年，我被任命为负责中国传教的主管，开始策划前往北京传教。次年，我与礼部尚书王忠铭一同前往北京，但由于战争的影响不得不离开。之后，我定居在南京，并建立了第四个传教驻地。在南京居住期间，我通过瞿太素结识了许多名士，例如李贽、徐光启等。我还与一位和尚展开了一场辩论，并凭借着我的科学思辨精神赢得了最终的胜利。接着，我在南京建立了第四个传教驻地，积极开展传教活动，使得南京成为中国天主教史上最重要的传教中心之一。我在南京待了一年，然后带着礼物前往北京，为献给皇帝作准备。在万历二十九年（1601年）初，我抵达北京，把自鸣钟、圣经、《万国图志》、大西洋琴等西方物品献给了万历皇帝。皇帝非常喜欢，还下诏允许我等人在北京长期居住。 在北京，我结交了中国许多士大夫，以我丰富的中西方知识为基础。我经常与我的客人们讨论灵魂、天堂和地狱等话题，并用中文编撰了《二十五言》、《天主实义》等新书，在许多士大夫中得到了敬重。到了万历三十三年，北京信奉天主教的中国人数量已达到了二百人，其中包括进士出身的徐光启等朝廷大臣。 在我开展传教活动的同时，我还为中西方的文化交流做出了巨大的贡献。在万历三十五年（1607年），我与徐光启合作翻译并出版了欧几里德的《几何原本》。这本书在中国叫做《基础几何》，是一本介绍欧几里德几何学原理的书，这些原理在中国古代没有出现过。这本书受到了当时中国知识界的热烈欢迎，成为了中西方文化交流的里程碑之一。这本译本翻译了欧几里德的《几何原本》前六卷，我很自豪，因为这是首次将欧几里德几何学及其严密的逻辑体系和推理方法引入中国。在这本译本中，我确定了点、直线、平行等许多我们现在耳熟能详的几何学名词。 随后，到了万历三十八年五月（1610年），我病逝于北京，而明朝皇帝首次批准在中国安葬我，这就像我当初所说的那样，终老于中国了。
